Situé à la périphérie de Besançon, le collège Clairs Soleils est situé en bordure du quartier du même nom. Entre l’entrée nord de la ville et la colline de Bregille, il se trouve en retrait des grandes voies de communication.

Implanté dans un domaine partiellement boisé de plus de 2 ha en lisière de la forêt de Chalezeule, le collège s’ouvre sur le quartier des Clairs Soleils, sur une zone pavillonnaire résidentielle et sur une zone commerciale et industrielle de Chalezeule, Thise, Palente.